La maladie de Crohn peut toucher n'importe quelle partie du tube digestif, de la bouche à l'anus. La colite ulcéreuse s'attaque seulement au gros intestin, et à une seule couche de tissu intestinal, la muqueuse. La maladie se déclare presque toujours dans la même partie du côlon, le rectum, et peut évoluer pour former une inflammation continue entre le rectum et le reste du côlon.